Τα προβλήματα που μπορεί να προκύψουν σε ένα σύστημα συναγερμού είναι ποικίλα και, συνήθως, έχουν σχέση είτε με τον εξοπλισμό είτε με την εγκατάσταση και τη συντήρηση. Στην περίπτωση των ασύρματων συστημάτων, είναι πιθανό να προκύψουν ζητήματα επικοινωνίας μεταξύ των συσκευών, κυρίως αν υπάρχουν εμπόδια ή μεγάλη απόσταση μεταξύ των αισθητήρων και του κεντρικού πίνακα, του AJAX HUB. Η τεχνολογία Jeweller του AJAX βοηθά στην καλύτερη και πιο σταθερή σύνδεση, αλλά ακόμα κι έτσι μπορεί να προκύψουν περιστασιακά θέματα που να επηρεάσουν την απόδοση.

Ένα συνηθισμένο πρόβλημα είναι η χαμηλή στάθμη μπαταρίας στους αισθητήρες ή στο χειριστήριο, το οποίο μπορεί να προκαλέσει αποσύνδεση ή καθυστερήσεις στην ανταπόκριση. Το σύστημα συνήθως στέλνει ειδοποιήσεις όταν η μπαταρία είναι χαμηλή, αλλά αν δεν αντικατασταθεί εγκαίρως, μπορεί να επηρεάσει τη λειτουργία του συναγερμού. Επίσης, οι λανθασμένοι συναγερμοί, γνωστοί και ως "ψευδείς συναγερμοί", μπορούν να προκαλέσουν αναστάτωση και συνήθως συμβαίνουν αν ένας αισθητήρας δεν είναι σωστά τοποθετημένος ή αν επηρεάζεται από περιβαλλοντικούς παράγοντες όπως ζέστη, κρύο ή κίνηση από κατοικίδια.

Η σύνδεση με το κέντρο παρακολούθησης είναι ένας άλλος παράγοντας που επηρεάζεται συχνά από προβλήματα δικτύου ή κάλυψης κινητής τηλεφωνίας, ειδικά αν η σύνδεση γίνεται μέσω κάρτας SIM. Σε περίπτωση διακοπής του δικτύου, το σύστημα δεν μπορεί να στείλει ειδοποιήσεις και ο ιδιοκτήτης δεν ενημερώνεται για πιθανές παραβιάσεις. Στα σύγχρονα συστήματα όπως τα AJAX, υπάρχουν διπλές συνδέσεις για αυξημένη αξιοπιστία, αλλά πάντα μπορεί να υπάρξει πιθανότητα διακοπής, ιδιαίτερα σε απομακρυσμένες περιοχές.

Τέλος, η σωστή εγκατάσταση και ρύθμιση του συστήματος από εξειδικευμένο τεχνικό είναι κρίσιμη. Ένας μη επαρκώς εγκατεστημένος συναγερμός μπορεί να προκαλέσει προβλήματα τόσο στην κάλυψη όσο και στην αποτελεσματικότητα των ανιχνευτών και των αισθητήρων. Η καλή συντήρηση του συστήματος, η τακτική αλλαγή μπαταριών και η επικαιροποίηση του λογισμικού εξασφαλίζουν ότι το σύστημα λειτουργεί σωστά και χωρίς διακοπές.